Encuadradas cronológicamente entre los siglos XVI y XXI, podemos encontrar una gran diversidad tipológica: pintura, orfebrería, mobiliario, dibujo, grabado, cerámica, fotografía, escultura… Reúne la Colección Histórico Artística, la Colección de Arte Contemporáneo y gran parte de la Colección Mayor Zaragoza. También en esta tipología se encuentran los depósitos del Museo Nacional del Prado, los del Museo de Bellas Artes de Granada y los del Fondo Antonio Carvajal.
Formada por instrumentos y objetos empleados entre el siglo XIX y el XXI para la enseñanza y la investigación entre los que podemos encontrar instrumental de laboratorio, médico, aparataje de telecomunicaciones e informática, de observación astronómica, climatológica y sismográfica. Entre estas colecciones están: la Farmacia Zambrano, la clínica del Doctor Herrera, la Colección del Observatorio de Cartuja, el Museo de Historia de la Farmacia, los depósitos del Museo Nacional de Ciencia y Tecnología y del Patronato de la Alhambra, las colecciones de los departamentos de Química, Física, los relacionados con la medicina… En total hay 24 colecciones.
En esta tipología se encuadra la Osteoteca del Departamento de Antropología en la que se conservan para su estudio e investigación una gran cantidad de huesos humanos que van desde el Paleolítico a la actualidad y las colecciones del Departamento de Prehistoria y Arqueología.
Son colecciones que nos hablan del mundo natural con muestras del reino vegetal y animal y geología, empleadas para la enseñanza y la investigación. Podemos encontrar la colección de Minerales, Paleontología, Zoología, Departamento de Botánica, Herbario, los dos jardines botánicos y el Museo de Suelos.
En esta tipología encontramos el fondo documental de la Universidad conservado en el Archivo Universitario y el Fondo Antiguo que se encuentra en la Biblioteca General y se extiende entre los siglos XIV y XX.